É correto empregar a expressão em apreço, como se confirma pelo seguinte contexto (sublinhado nosso):

(1) «A par da orientação mundial de despenalização do consumo, observa-se agora a  crescente  implantação  de  uma  nova  tendência,  o  uso  de  Canabis  nos cuidados de Saúde [...]. É esta dicotomia de estatutos sociais, logo jurídicos, que cabe analisar e é sobre ela que  iremos tomar posição.» (Mafalda D'Almeida Matono Saias Figueira, A Canabis Medicinal no Ordenamento Jurídico Português, Faculdade de Direito, Universidade Nova de Lisboa, 2011, pág. 3)

Neste caso como noutros, a palavra significa «divisão em dois, repartição, oposição entre dois» (cf. dicionário da Academia das Ciências de Lisboa, s. v. dicotomia). Tem origem no grego dikhotomía, «divisão em duas partes iguais», e chegou ao português por via do francês dichotomie, termo empregado em áreas especializadas como a astronomia, a lógica e a botânica (cf. idem e Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa, 2001).