Por enquanto, em Portugal, o radical de origem grega nano- não é referido em nenhuma regra da norma ortográfica vigente, mas dado terminar em -o como auto- e proto-, presume-se que também se associe sem hífen a outro radical, quando este «tem vida à parte e começa por vogal, h, r ou s» (Acordo Ortográfico de 1945, Base XXIX, 2.º). Sendo assim, deverá escrever-se nano-estrutura em português europeu.

Assinale-se que, no Brasil, parece-me que deveria impor-se este preceito, que tem a seguinte redacção no Formulário Ortográfico de 1943:

«[deve empregar-se hífen] Nos vocábulos formados pelos prefixos:

a) auto, contra, extra, infra, infra, neo, proto, pseudo, semi e ultra, quando se lhes seguem palavras começadas por vogal, h, r ou s: auto-educação, contra-almirante, extra-oficial, infra-hepático, infra-ocular, neo-republicano, proto-revolucionário, pseudo-revelação, semi-selvagem, ultra-sensível, etc.
Observação. — A única exceção a esta regra é a palavra extraordinário, que já está consagrada pelo uso.»

Mas não é isto que ocorre em certos dicionários, porque se escreve, por exemplo nanoampere, como se pode confirmar no Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa. No entanto, o referido dicionário apresenta a forma nano-henry, justificando-a do seguinte modo: «o uso de hífen em palavras compostas com o pref. gr. nano não está previsto pelas regras da língua; este dicionário grafou esta palavra com hífen, a fim de preservar a aspiração original do nome próprio estangeiro, e registrou em paralelo a var. nanoertz, de escasso curso, mas mais consentânea com o espírito da língua.»