A primeira palavra é esdrúxula (ou proparoxítona), com o o aberto e acento agudo em português europeu: nanómetro. No Brasil escreve-se com acento circunflexo [nanômetro], pronunciando-se com esse e fechado.
Mililitro é grave (ou paroxítona), talvez por se sentir mais a consciência do elemento litro como palavra autónoma. Nos vocábulos acabados em -metro, parece haver mais a noção de que este se trata de um simples sufixo, esquecendo-se que existe o termo metro na língua portuguesa. Esta poderá talvez ser uma explicação.