Os dois termos estão registados, apesar de os dicionários parecerem preferir a forma metrologista. Com efeito, o Dicionário Houaiss acolhe (sem definir) metrólogo, remetendo este vocábulo para metrologista, em cujo verbete se disponibiliza o significado de «especialista em metrologia». O Dicionário de Língua Portuguesa da Porto Editora procede de modo semelhante: nele figuram metrólogo, sem definição, e metrologista, com verbete mais completo, contendo uma definição.

Em conclusão, as duas formas são aceitáveis, mas, a fazer fé nos registos lexicográficos, é preferível usar metrologista.