Se seguir com rigor as regras da colocação dos pronomes, que prevê a próclise (colocação do pronome antes do verbo) «nas orações subordinadas desenvolvidas» (Cunha e Cintra, Nova Gramática do Português Contemporâneo, Lisboa, Sá da Costa, 2002, pp. 311-312), e tendo-se em conta que a segunda oração é subordinada causal («porque...»), verificamos que a forma correta da frase é:

«Eu fi-lo porque o quis.»

Nota: As formas fi-lo e qui-lo, embora nos pareçam estranhas devido ao modo como soam, são gramaticais. Por exemplo:

«Eu fiz este trabalho» = «eu fi-lo»

«Eu quis este trabalho» = «eu qui-lo».

Por isso, não é incorreta uma frase como «Fi-lo e qui-lo».