De acordo com o Dicionário Huaiss, o elemento de formação autor- constitui a evolução de outro elemento de formação, aug-, que possui raízes no latim augĕo, es, auxi, auctum, augēre, com o significado de «fazer crescer, aumentar, ampliar». A partir do século XIII atesta-se autor-, como radical semiculto, originário do latim auctor, ōris: «criador: o que faz crescer; fundador: o que constrói uma cidade; autor: o que apresenta, propõe uma lei; fiador, abonador: o que se encarrega de uma coisa em nome de outrem; possuidor: o que põe à venda». Daqui provêm palavras como autorização, autoridade e autoritarismo.
Por outro lado, o prefixo auto- é usado, de acordo com o mesmo dicionário, para formar palavras que se referem a coisas que se movem ou funcionam por si mesmas, como automóvel (que significa «que se move por si mesmo»). Este prefixo tem origem no grego autós-, «o próprio», e é amplamente utilizado em várias palavras em português e em outras línguas. No século XX, surgiram muitas palavras que usam este elemento, como os exemplos apresentados: automóvel, autodidática e autocontrole. Essas palavras têm em comum a ideia de que algo é feito ou opera de forma independente.
Pelo exposto, os prefixos autor- e auto- não são cognatos, não são formas que tenham evoluído de um mesmo termo originário (étimo), embora possam parecer similares à primeira vista.