Só é possível dar aqui um parecer fundado em informação dicionarística.

Os dois usos, no singular e no plural, estão corretos, mas parecem ter usos ligeiramente diferentes.

No singular, em contexto legal, auto significa «documento oficial, escrito e assinado em que, com fins legais, se regista um ato ou se relata qualquer ocorrência» (dicionário da Academia das Ciências de Lisboa). De forma mais genérica, auto significa «peça de um processo judicial» (Infopédia). Nesta perspetiva, o plural autos não afeta o significado global da palavra, pois que, denotando documentos, pode falar-se de «um auto», «dois autos», «três autos» etc.

Contudo, em dicionários elaborados no Brasil – para esta resposta, foram consultados o Houaiss e o Michaelis – e, pelo menos, num de Portugal (Priberam), existe a subentrada autos, que genericamente significa «peças constitutivas de um processo». Ou seja, auto, no singular, é um documento de tipo narrativo usado em contexto legal; no plural, autos pode ocorrer como «conjunto de documentos que constituem um processo».

Dito isto, importa também referir que, numa consulta no Corpus do Português, coleção eletrónica que reúne textos do Brasil e de Portugal, se nota que, nos textos brasileiros, se tende a empregar autos muito mais que auto, tendência que não parece tão nítida em textos de Portugal.