Muito sinteticamente, pode dizer-se que estrutural ocorre no sentido de «(aquilo que é) relativo a uma estrutura» (significado relacional), enquanto estruturante se usa na aceção de «que dá estrutura, que determina uma estrutura» (sentido agentivo ou causativo).
Este contraste pode ser confirmado pela consulta de vários dicionários – por exemplo, do Dicionário Houaiss, onde estrutural tem o significado básico de «relativo a uma estrutura qualquer» e estruturante, o de se aplicar àquilo «que favorece ou determina a estruturação».
Mesmo assim, convém assinalar que os dois adjetivos podem chegar a ser sinónimos, pois podem ocorrer ambos na aceção de «essencial, fundamental» (cf. dicionário da Infopédia).