Tem muita razão para apresentar a sua dúvida.

À frase de Cegalla falta o contexto e/ou a situação em que se considera a frase.

Diz a "Nova Gramática do Português Contemporâneo" de Celso Cunha (brasileiro) e Lindley Cintra (português), p. 472, que o "pretérito mais-que-perfeito do conjuntivo pode indicar:

"Uma acção anterior a outra acção passada (dentro do sentido eventual do modo conjuntivo):

1. "Esperei-a um pouco, até que tivesse terminado sua 'toilette' e pudéssemos sair juntos."
   Parece-me ser este o caso da frase da consulta.
   Segundo esta doutrina, a frase da "Gramática" de Cegalla, que é boazinha, devia dizer-se deste modo:

2. Foi bom que ele tivesse saído daqui.
   O Dr. Ernesto Carneiro Ribeiro (também brasileiro) diz na pág. 598 da 5.ª edição (1950), dos "Serões Grammaticaes ou Nova Grammatica Portugueza":
   "Se, porém, a acção exprimida pelo verbo da subordinada é anterior à que exprime o verbo da principal, emprega-se naquella o mais-que-perfeito do subjuntivo."
   Das frases, eis duas:

3. Desejava que elle tivesse vindo.

4. Desejei que elle tivesse vindo.
   É este, pelo menos parece, o caso da frase em questão, principalmente a frase d). Estamos em presença duma acção passada anterior a outra também passada.
   Mais ainda: a língua/linguagem não é só para ser compreendida. É também para ser sentida. Eu sinto que o correcto é:

5. Foi bom que ele tivesse saído daqui.

E agora uma pergunta atrevida: Que sente o prezado Eugénio Geppert?

Depois destas considerações, lembrei-me de consultar a "Grammatica Portugueza" de Júlio Ribeiro (brasileiro), edição de 1891. Acerca da correspondência dos tempos (pág. 288) diz ele que, ao pretérito perfeito do indicativo corresponde, no conjuntivo, o pretérito perfeito e o mais-que- perfeito:

Julguei que tu viesses.

Julguei que tu tivesses vindo.

É natural que Cegalla se tenha enganado, ou que estivesse imaginando determinado contexto que não o deu a conhecer.