É possível utilizar a locução «bem /assim como» neste contexto, mas, a bem da clareza das ideias, a frase deveria ser reorganizada.
A locução «bem como» estabelece uma ideia de adição a que se associa um ligeiro valor comparativo. Ora, se bem interpreto a frase apresentada, nela pretende-se coordenar a oração «sua fórmula populista de condução política via o risco da ingovernabilidade» com a oração «Seu programa nacional-desenvolvimentista guardava uma série de dificuldades e contradições». No entanto, estas duas orações são intercaladas por uma oração com valor de simultaneidade temporal, «ao mesmo tempo em que avança a modernização nacional para passos realmente importantes». Esta oração intercalar é longa, o que prejudica a clareza da ligação entre as orações inicial e final, dificultando a interpretação da frase.
Assim, as ideias ficariam bem mais claras se se optasse por esta organização frásica:
(1) «Ao mesmo tempo em que avança a modernização nacional para passos realmente importantes, seu programa nacional-desenvolvimentista guardava uma série de dificuldades e contradições, bem/assim como sua fórmula populista de condução política via o risco da ingovernabilidade.»
Refira-se, por fim, que a vírgula antes de «bem como» é estilística, pelo que é opcional. Neste caso, ajuda à delimitação das duas situações descritas nas orações que se coordenam.
Disponha sempre!