É a  frase b que tem  a pontuação errada. A vírgula está a separar o sujeito («Seu silêncio») do predicado («era um sofrimento»), violando essa regra básica da pontuação. Determina ela que «os termos essenciais e integrantes da oração ligam-se uns aos outros sem pausa; não podem, assim, ser separados por virgula». (Cunha e Cintra, Nova Gramática do Português Contemporâneo, Lisboa, Sá da Costa, 2002, p. 645).

Assim, para que a frase estivesse correta, não teria vírgula: «Seu silêncio era um sofrimento.»