A forma feminina do substantivo capitão é capitã, embora os dicionários também registem capitoa (cf. Dicionário Houaiss; José Pedro Machado, no Grande Dicionário da Língua Portuguesa, regista capitoa na aceção de «mulher do capitão»). Contudo, no contexto militar, pelo menos, em Portugal, está consagrado o uso de capitão como substantivo comum de dois: «o capitão»/ «a capitão».
Maria Helena de Moura Neves, no Guia de Uso do Português (São Paulo, Editora Unesp, 2003), baseando-se na observação de corpora linguísticos (conjunto de textos para uso da análise e descrição linguísticas), observa o seguinte:
«1. O feminino em uso é capitã. O feminino capitoa, indicado em alguns manuais, não ocorreu [nos corpora analisados]. A capitã Sochaki disse também que os sérvios da Bósnia foram avisados sobre a ação. [...]»
Note-se que substantivo capitão não deveria ser encarado como um nome comum de dois, como, por exemplo, «o/a estudante» ou «o/a jornalista», onde o determinante marca a diferença de género, daí que tenha uma forma de feminino, «a capitã». Não obstante, assinala-se o emprego de capitão como comum de dois, no contexto das hierarquias militares:
(1) «A então capitão-de-mar-e-guerra Dalva Maria Carvalho Mendes foi alçada ao posto de contra-almirante e recebeu as honrarias em uma cerimônia no Rio de Janeiro.» (Terra)
(2) «A capitão entrou para os quadros da Força Naval em 1993 por meio de concurso público para nível técnico do quadro auxiliar feminino de praças.» (DefesaNet)
(3) «A capitão Elisabete Silva, 30 anos, é a primeira mulher a comandar um esquadrão de artilharia pesada em Portugal, avança a RTP.» (Boas Notícias)
Este uso está, aliás, consagrado nas Forças Armadas portuguesas, onde designações de postos como capitão, sargento e soldado se usam como substantivos comuns de dois: «o capitão»/«a capitão», «o sargento»/«a sargento», «o soldado»/«a soldado».*
*Agradecimentos por esta informação a Gil Xavier Alves, do Gabinete de Comunicação e Relações Públicas do Estado-Maior-General das Forças Armadas.