De facto, a maneira correcta de dizer é: «desconfia que».
Neste caso, o verbo tem um sentido mais próximo de supor, acreditar. Outros exemplos: «desconfio que ela é culpada»; «desconfio que tens razão».
«Desconfiar de alguém ou de alguma coisa» significa ter um sentimento de insegurança ou de falta de confiança. Exemplos: «desconfio da competência do ministro»; «desconfio dela e das suas intenções».
O verbo desconfiar também pode ter o significado de amuar, melindrar-se. Exemplos: «desconfiou comigo e nunca mais me ligou»; «ela desconfia por tudo e por nada».