Há dois elementos de composição mito-. O primeiro tem origem no grego mûthos e significa «fábula, história», entrando, por exemplo, na formação de palavras como mitologia, mitografia.

O segundo elemento mito- provém do grego mítos (fio, filamento) e entra na composição de palavras das biociências, com a acepção de «filamento celular», por exemplo: mitoplasta, mitossoma, mitocôndria.

A sua questão prende-se com a pronúncia do segundo elemento. Eu diria que mito- (fábula) se lê /mitu/, ao passo que mito- (filamento) se lê /mitó/. Por conseguinte, a palavra que apresenta deve ler-se /mitòcôndria/.

O facto de a vogal o de mito- ser aberta não a torna a vogal tónica. Vogal tónica é a vogal que se pronuncia com maior intensidade. Há muitos casos em português de vogais abertas que não são tónicas: teclado, fotocópia, avozinha.

Disponha sempre!