Segundo o Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa (2003), de José Pedro Machado, e o Grande Etimológico Prosódico da Língua Portuguesa, de Silveira Bueno, o nome da ilha de Paquetá, situada na baía de Guanabara (Rio de Janeiro, Brasil), deriva da expressão na língua tupi antiga “paca-etá”, que significa «muitas pacas» (para quem desconheça, a paca – ou Cuniculus paca – é um mamífero roedor que vive no Brasil e pertence à família dos dasiproctídeos).
A etimologia atribuída pelos referidos dicionários é, no entanto, completada por uma simples consulta na Internet. Pode-se ler, por exemplo, que, não havendo plural em tupi, “etá” era usado junto do nome para exprimir essa categoria, o que reflectia a influência do português. Se assim é, Paquetá não quererá dizer «muitas pacas», mas simplesmente «pacas». De qualquer modo, a diferença é mínima e o que importa é destacar o tupi antigo como língua de origem de muitos dos topónimos no Brasil.
Desconheço estudos aprofundados sobre a origem do nome Paquetá, mas remeto a consulente para as seguintes respostas:
Influência afro-americana na nossa língua
As línguas indígenas do Brasil e o português de Portugal
A influência do tupi

Cf. Cidades brasileiras cujos nomes têm origem no tupi-guarani