Nas fontes portuguesas consultadas1 para elaboração desta resposta, não se encontrou moco nem «em moco» na aceção descrita na pergunta.
Contudo, em fontes espanholas, regista-se o uso de «en moco» na região leonesa do Bierzo, onde, a par do espanhol, também se fala leonês e galego, o que se compreende, visto fazer fronteira com a Galiza e, na direção sul, distar cerca de 150 km de Vinhais. É plausível que «em moco» seja, portanto, a forma portuguesa correspondente à expressão leonesa (ou galego-leonesa), possibilitando que o português «em moco» e a locução «en moco» atestem uma locução antiga, comum ao leonês, ao galego e ao português setentrional. No Bierzo, a expressão aplica-se às plantas tenras e aos frutos que não estão maduros2; o uso português, relativo a aves recém-nascidas, pode resultar de um processo de extensão semântica e, portanto, ser posterior ao significado associado a plantas, mas não é possível confirmar aqui esta conjetura.
Sobre a origem da forma moco na locução em apreço, atribui-se o mesmo étimo de moco, variante de monco, ou seja, «muco do nariz», portanto originário do latim vulgar mŭccus (mūcus), com o mesmo significado. Observe-se, porém, que não é clara a relação entre o significado etimológico e o significado de moco na locução «estar em moco».
Moco e monco denotam ainda uma «excrescência carnosa pendente do bico do peru, ou que se estende sobre ele». Além disso, no Novo Dicionário da Língua Portuguesa (1.ª edição, 1899), de Cândido de Figueiredo, regista-se moco, como termo da gíria, com o significado de «pateta, idiota». Finalmente, moco, no contexto galego, pode ainda ser um derivado de moca, na aceção de «pau grande, maça», e, com o aberto, referir um grande pedaço de pão3. Estes significados não parecem estar na origem de «em moco», referido a aves ou plantas.
1 Revista Lusitana, Novo Dicionário da Língua Portuguesa, de Cândido de Figueiredo, e Dicionário de Expressões Populares Portuguesas, de Guilherme Augusto Simões.
2 No Diccionario del Bierzo (1934), de Verardo García Rey, regista-se «en moco». Ver moco e «estar en moco» no Léxico del Leonés Actual (Universidade de León).
3 Cf. Dicionário Estraviz.
Nota do consultor: A resposta foi alterada em 24/11/2024 na sequência de um comentário recebido no mural do Ciberdúvidas no Facebook. O seu autor identifica-se como Capelurso Carvoeira e dá a seguinte achega, que muito se agradece, sobretudo por ter dado uma excelente pista para enquadrar a expressão vinhalense «em moco» no conjunto da dialetologia do noroeste peninsular: «[«Em moco»] lembra significados do adjetivo mocho/moucho em galego, "rapado, pelado, de cabelo muito curto". Talvez relacionado com mouco, "sem saliências, sem cornos, a falar de uma árvore completamente podada", também com o ásturo-leonês mocu com significados similares ao mouco galego-português "que-y falta daqué pa tener bon aspeutu" (que lhe falta algo para ter bom aspeto).» Estas informações podem ser confirmadas no Dicionário Estraviz, no Dicionário da Real Academia Galega e no dicionário da Academia da la Llingua Asturiana. Entretanto, registe-se igualmente que o consulente João Paulo Fernandes Lopes voltou a contactar o Consultório para contextualizar melhor a questão: «No concelho de Vinhais, o termo e a expressão referidos são ainda hoje utilizados no quotidiano, e estranho que as várias recolhas efetuadas por diversos autores não tenham registado informação a propósito. Efetivamente, no rol de obras sobre regionalismos transmontanos contam-se, entre as mais recentes, as seguintes: Dicionário dos falares de Trás-os-Montes / Vítor Fernando Barros. – Porto : Campo das Letras, 2002. [...]; Dicionário de trasmontanismos / orient. e coord. Adamir Dias, Manuela Tender; colab. Armando dos Anjos Ruivo... [et al.]. – Chaves : Associação Rotary Club, 2005. [...]; Língua charra : regionalismos de Trás-os-Montes e Alto Douro / António Manuel Pires Cabral. – Lisboa : Âncora, 2013 [...]; Dicionário de palavras soltas do povo transmontano / Cidália Martins, José Pires, Mário Sacramento; colab. António Paz... [et al.]. – 2ª ed. – Lisboa : Guerra & Paz, 2018 [...]; Dicionário picaresco e satírico de Trás-os-Montes e Alto Douro : repositório da cultura transmontana / Armando Ruivo. – [S.l.]: Armando Ruivo, cop. 2022 [...].»