A conjugação do verbo instruir, que, neste contexto significa «fornecer os elementos necessários para a análise de um recurso», na terceira pessoa do singular do presente do indicativo, é instrui. Por essa razão, o correto seria: «certidão que instrui o recurso». 

 A forma "instrói" está incorreta, pois deriva de uma analogia popular com verbos como construir. O verbo instruir segue a conjugação de outros verbos como atribuir, constituir ou contribuir, portanto a forma correta no presente é instrui. A variante (incorreta) "instrói" pode aparecer em alguns contextos informais ou irónicos, mas não deve ser utilizada em textos jurídicos ou formais, onde é esperado o uso padrão da língua.