A sua análise está correctíssima. Trata-se, efectivamente, de uma palavra aguda. Numa consulta ao Vocabulário Ortográfico Português, disponível no Portal da Língua Portuguesa, além da palavra em si, são-nos fornecidas diversas informações, entre as quais a indicação da sílaba tónica. E aí a palavra aparece como glu.ca.gon. Com a divisão silábica e com indicação da sílaba tónica.
Porém, a verdade é que a grande maioria das palavras terminadas em -n no português são graves, havendo, mesmo, algumas esdrúxulas. Quando agudas, são, habitualmente, consideradas estrangeirismos, sendo grafadas em itálico. É o que acontece, por exemplo, com vison no Dicionário Houaiss, onde, no entanto, glucagon ocorre sem itálico. Por outro lado, as palavras agudas terminadas em -on têm tendência a evoluir, transformando o -n em -m, como em baton > batom, ou o -on em -ão, como acontece em biberon > biberão.
