As duas expressões estão corretas e são sinónimas:

«fazer sentido»: «ter significado; ser compreensível, lógico» (Dicionário Houaiss)

«ter sentido»: «não ser descabido; ser aceitável, concebível» (idem).

Acrescente-se que a expressão «não faz sentido» ocorre muitas vezes no discurso argumentativo, embora como simples bordão que acaba por não ter nenhuma força argumentativa (ver Textos Relacionados).