Em português europeu, antes da aplicação do novo acordo ortográfico (AO 90), os dicionários apresentavam variação em casos de prefixação com sobre-; exemplos: sobreexposição, em que o prefixo sobre- se aglutinava graficamente com o elemento seguinte1; e sobrexposição, porque o prefixo «[...] pode sofrer, antes de vogal, a elisão da vogal por que termina: antálgico, protóxido, pseudencéfalo, etc.» (Rebelo Gonçalves, Tratado de Ortografia da Língua Portuguesa, Lisboa, Editora Atlântida, 1947, pág. 226). Assim se compreende que, no Grande Dicionário da Língua Portuguesa, na edição publicada em 1991 por José Pedro Machado, se registe sobreexploração e sobreexplorar, muito embora não se acolha a forma alternativa com elisão, sobrexploração.
Com a adopção do AO 90, sobreexploração passa a ter um hífen no Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa (VOLP), da Porto Editora, e no Vocabulário Ortográfico do Português (VOP) do Instituto de Linguística Teórica e Computacional (ILTEC): sobre-exploração (cf. Base XVI). Anote-se, contudo, que o VOLP da Porto Editora mantém a possibilidade de aglutinar, com elisão vocálica, o prefixo ao elemento seguinte, se este começar por e: sobre-excitar vs. sobrexcitar. Donde se depreende que também continua a ser possível sobrexploração.
1 Segundo o Acordo Ortográfico de 1945, Base XXIX:
«Emprega-se o hífen em palavras formadas com prefixos de origem grega ou latina, ou com outros elementos análogos de origem grega (primitivamente adjectivos), quando convém não os aglutinar aos elementos imediatos, por motivo de clareza ou expressividade gráfica, por ser preciso evitar má leitura, ou por tal ou tal prefixo ser acentuado graficamente. Assim o documentam os seguintes casos: [...]
4.°) compostos formados com os prefixos ante, entre e sobre, quando o segundo elemento tem vida à parte e começa por h: ante-histórico; entre-hostil; sobre-humano; [...]»
Noutros casos, «[...] faz-se a aglutinação gráfica dos elementos do composto, a qual ou os deixa intactos, ou determina alterações interiores: supressão de h, duplicação de r ou s, mudança de m em n ou de n em m» (Rebelo Gonçalves, Tratado de Ortografia da Língua Portuguesa, Lisboa, Editora Atlântida, 1947, pág. 226); exemplos: «sobremaneira, sobreosso, sobreporta, sobrerrenal, sobrerrestar, sobressaturar, sobressaltar, sobressoleira, sobretudo, sobreumeral [...]» (idem, pág. 228).