Nas acepções de «ter na parte final» e «ter por parte final», o verbo terminar pode construir regência com a preposição por.

Segundo o Dicionário de Usos do Português do Brasil (São Paulo, Editora Ática, 2002), de Francisco S. Borba, o verbo terminar pode seleccionar:

a) na acepção de «ter na parte final», um complemento preposicional (também chamado oblíquo) constituído pela preposição em e um substantivo concreto não animado; exemplo (idem): «todo esse seguir-se de colorido e enfeites termina em dois hediondos chifres»; «o intestino das aves termina numa cloaca».

b) na acepção de «ter por parte final», um complemento preposicional (ou oblíquo) constituído pelas preposições com, em, por e um substantivo; exemplos (idem): «as terminações superiores terminam por longos e acerados espinhos»; «romances desse tio terminam com a decifração do crime»; «a tendência em declarar idades que terminem em zero ou em cinco».

Uma vez que não se acha diferença relevante entre a possibilidade a) e a b), pelo menos, quando descrevemos a estrutura fónica de um prefixo, considero correcta a frase «o prefixo termina por vogal».