Segundo o Dicionário Houaiss, a palavra cotonete provém de uma marca registada que acabou por designar o seu género, sendo formada a partir da palavra inglesa para algodão (cotton), à qual se juntou -ete. Esta origem da palavra poderá explicar a sua pronúncia como cótónéte, [kɔtɔnɛtɨ], uma vez que as marcas recorrem com frequência a sonoridades que afastam as palavras das regras de acentuação de uma língua, sobretudo quando formadas a partir de outras estrangeiras.

Apesar de esta palavra não surgir em muitos dicionários, poderá eventualmente aparecer com a acentuação regular da língua portuguesa, [kutunɛtɨ], o que não é, no entanto, usual.

Quanto a cotonaria, parece-nos que deverá pronunciar-se [kutunɐɾiɐ], seguindo as regras de acentuação da língua portuguesa, sendo distinta de cotonária, quer em pronúncia, quer em significado.