Retificar (ou, em Portugal, rectificar, antes do novo acordo ortográfico) e ratificar são mesmo palavras diferentes, mas não propriamente antónimas, porque os seus significados não são opostos nem contrários; digamos que não significam a mesma coisa e, por isso, são simplesmente contrastantes. Segundo o Dicionário Houaiss, estes verbos têm sentidos e etimologias diferentes:

(1) retificar: «emendar, corrigir»; «radical do latim rectus, a, um, "regido, governado, direito, reto, direto" + -i- + -ficar»;

(2) ratificar: «confirmar, validar»; «latim medieval ratificare, do radical de ratum, supino de reor, reris, ratus sum, reri, "contar, calcular" [...].»