A forma correta é «O capitão e os marinheiros foram quem quis», pois, quando o sujeito é o pronome relativo quem, a frase «constrói-se, de regra, com o verbo na 3.ª pessoa do singular» (Cunha e Cintra, Nova Gramática do Português Contemporâneo, Lisboa, Sá da Costa, 2002, p. 499).