De acordo com o semanticista Rui Marques, a seleção do modo é condicionada por fatores de natureza modal, ou seja, a escolha do indicativo ou do conjuntivo depende da atitude do enunciador. O autor postula que os predicados epistémicos (achar, pensar, considerar) podem expressar diferentes graus de crença, formando uma escala.

Os que expressam um forte valor de crença selecionam indicativo; os que expressam um fraco valor de crença selecionam conjuntivo, e os que estão associados a valores intermédios admitem ambos os modos:

(1)  «A Maria acredita que o João receba o prémio.»
(2)   «A Maria acredita que o João recebe o prémio.»

Por conseguinte, ambas as frases apresentadas se consideram corretas: «Eu pensei que ele não vinha/viesse.»

¹ Rui Marques, 1997, “Sobre a selecção de modo em orações completivas”, Actas do XII Encontro Nacional da Associação Portuguesa de Linguística (Braga-Guimarães, 30 de Setembro a 2 de Outubro de 1996), Vol. I, Lisboa: Associação Portuguesa de Linguística, pp. 191-202.