Rotura e ruptura encontram-se registadas na generalidade dos dicionários de língua portuguesa consultados*, sendo apresentadas como sinónimos e derivando ambas do latim ruptūra, ae, «ruptura, quebra», derivado de rumpĕre, «romper» (Fonte: Dicionário Eletrônico Houaiss da Língua Portuguesa). O Novo Dicionário Aurélio acrescenta ainda que ruptura deriva «do latim tardio ruptura, por via erudita». Em Portugal, pronunciam-se ambas da mesma forma [rutura], sendo que o p, em ruptura, surge como consoante muda**; no Brasil, em ruptura, a consoante [p] é realizada do ponto de vista da pronúncia (leia-se, a este propósito, esta resposta).
De facto, o novo acordo ortográfico prevê que «Quando precedem um t, ç ou c, as letras c e p passam a escrever-se apenas se forem pronunciadas: ação em vez de acção, ótimo por óptimo. Nas sequências mpt, mpc e mpç o m passa a ser escrito n quando o p não se escreve: perentório e não peremptório. Em todos estes casos, quando a consoante é realizada na pronúncia, realiza-se também na ortografia: pacto não passa a ser escrito pato. À semelhança do que já sucedia no Brasil, esta regra passa a aplicar-se também em Portugal, nos PALOP e em Timor» (Portal da Língua Portuguesa).
Deste modo, em Portugal, de acordo com as coordenadas do acordo ortográfico, passaremos a ter rutura e rotura; no Brasil, manter-se-ão as duas formas gráficas já existentes, isto é, ruptura e rotura.
Valerá ainda a pena dizer que em Tópicos Selecionados de História da Medicina e Linguagem Médica, Artigos, notas e comentários, de Joffre M. de Rezende), a propósito da origem e evolução destas duas palavras, é referido o seguinte:
«[No Brasil], a forma rutura (sem o p) é pouco usada e já não aparece nos melhores léxicos contemporâneos, ao contrário das formas paralelas rotura e ruptura, que se encontram registradas nos dicionários de Cândido de Figueiredo, Silveira Bueno, Aurélio Ferreira e no Vocabulário Ortográfico da Academia Brasileira de Letras. Temos, assim, consagradas, duas formas equivalentes, ambas de largo uso, tanto na linguagem geral como em linguagem médica.
«Qual das duas formas deverá prevalecer ou, pelo menos, qual deve merecer a nossa preferência? Devemos dizer rotura uterina, ou ruptura uterina? Rotura ou ruptura de um tendão, de um músculo, de um aneurisma, de uma víscera?
«Jorge de Rezende, que, além de renomado professor de Obstetrícia, era um cultor do vernáculo, sempre escreveu rotura uterina. Na literatura médica brasileira até 1979 rotura aparece na proporção de 72%, ruptura em 21% e rutura em 7% das publicações. Nos últimos 20 anos, entretanto, segundo o banco de dados da BIREME, ruptura ultrapassou rotura, e rutura reduziu-se a menos de l%.
«As formas predominantes, portanto, continuam sendo ruptura e rotura. Ainda é cedo para dizer qual das duas irá prevalecer no futuro. Embora a forma rotura seja mais antiga na língua portuguesa, nota-se uma crescente preferência pela forma ruptura, de cunho erudito e que reproduz o latim ruptura.»
* N. E. (29/08/2016) – A resposta é anterior à plena entrada em vigor do Acordo Ortográfico da Língua Portuguesa (AO) em 13/05/2015 (ver Abertura desta mesma data), e, portanto, o primeiro parágrafo refere-se à antiga ortografia do português europeu. Note-se, porém, que o segundo parágrafo sublinha que, conforme o disposto na Base IV, 1 do AO, os dicionários atualizados e publicados em Portugal, embora mantenham a forma rotura, passam agora a registar em lugar de ruptura a forma rutura como grafia própria do português de Portugal (ver também o Vocabulário Ortográfico do Português, do Portal da Língua Portuguesa, e a versão portuguesa do Vocabulário Ortográfico Comum, disponível na página do Instituto Internacional da Língua Portuguesa).