Tudo depende do contexto. Há, pelo menos, duas leituras, se o verbo significar «perceber, compreender»:

a) ... entende-se [= «compreende-se»] que nas empresas existem...

b) ... entende-se [= compreende-se que se diga] que nas empresas existam...

Se entender significa «considerar», a sequência deverá ocorrer o auxiliar dever:

c) ... entende-se que nas empresas devem existir...