A forma transcrita em (1) está correta:

(1) «A Isabel é a subcomandante da marinha.»

Nem todos os dicionários estão atualizados relativamente às profissões e ao seu género, nomeadamente no campo militar, pelo que teremos de os consultar com o devido cuidado. No caso do nome subcomandante, este tem dois géneros tal como comandante.

Há, todavia, dicionários que já atualizaram esta realidade. Este aspeto será mais visível nos dicionários disponíveis em linha, que atualizam com frequência os seus dados. Por exemplo, o Dicionário Houaiss já prevê os dois géneros da palavra, como se observa na informação que apresenta: «subcomandante princ. etim. adjetivo e substantivo de dois gêneros que ou aquele que é imediato ao comandante ou o substitui».

Disponha sempre!