Nada, nesta frase, é um pronome indefinido e ocupa a posição de complemento direto, selecionado pelo verbo transitivo direto comer. Se substituirmos “nada” por um grupo nominal, o teste da substituição pelo pronome pessoal átono funciona:

«Não comeste a maçã.» –« Não a comeste.»

De igual modo, com um verbo transitivo direto como ver, temos exatamente a mesma situação quando o complemento direto é um pronome indefinido:

«Não vejo ninguém.» – *«Não o vejo.»

«Não vejo o João.» – «Não o vejo.»

Podemos, portanto, concluir que, embora sendo complemento direto, o pronome indefinido não pode ser substituído pelo pronome pessoal átono.