As duas frases propostas estão corretas, embora haja uma certa preferência pela segunda – «As coisas correram melhor do que pensava» –, de forma a evitar-se a repetição de uma estrutura (de um constituinte relativo «o que») semelhante à do conetor de comparação «do que».
Sobre a coocorrência entre o conetor de comparação e os constituintes relativos, Gabriela Matos, em Gramática da Língua Portuguesa (de Mira Mateus et alli, p. 744), diz-nos que «tudo o que se pode afirmar é que há comparativas que incluem no segundo membro de comparação uma relativa, a par de outras comparativas em que não surge qualquer estrutura de relativização. Assim, o conetor de comparação pode (ou não) coocorrer com um constituinte relativo.
A única questão levantada foi a da impossibilidade de flexão do conetor de comparação («do que»), o que implicaria a agramaticalidade de uma frase do tipo *«Comprei mais livros dos que podia ler.» (frase incorreta), o que obriga à presença do constituinte relativo: «Comprei mais livros do que os que poderia comprar.»
Nota: Nas frases apresentadas, encontramo-nos perante um caso de comparativo de superioridade do advérbio bem1 [As coisas correram bem. As coisas correram melhor (= *mais bem) do que pensava], o que implica o emprego de do que (= daquilo que eu pensava), estrutura semelhante à presente em «Comprou um carro menor (mais pequeno) do que precisava».
1 O comparativo de superioridade (anómalo ou especial) melhor (do latim melìor, óris, «melhor, mais bom, que está em melhor estado») pode ser o comparativo do adjetivo bom e do advérbio bem, estando no primeiro caso sujeito a flexão (melhor/melhores), o que não se verifica como comparativo de bem. Há, no entanto, quem defenda que o comparativo de bem é «mais bem» e que melhor só pode ser o comparativo de bom. «Como regra geral, baseada essencialmente no uso comum, poder-se-á concluir que a forma comparativa do advérbio bem (mais bem) se usa obrigatoriamente antes de um particípio – «O trabalho dele estava mais bem feito (particípio) do que o meu.» Nas restantes situações, a forma melhor apresenta um uso mais generalizado: «Depois do que aconteceu, portas-te melhor (mais bem) do que dantes». (Cf. resposta de Susana Cabeleira.)