As situações em que a mensagem transmitida se distancia do sentido de cada (ou de alguma) das palavras com que é composta são bastante frequentes, sem que esse facto impeça a sua compreensão e a sua consequente interpretação adequada. Creio que é um pouco o que acontece com a expressão em análise. Ao ouvir dizer que dois mil presos fugiram, ou estão foragidos, os falantes vão interpretar que se trata de indivíduos que não deveriam estar em liberdade e essa mensagem é veiculada pelo adjectivo verbal foragidos.

Analisando o sentido das palavras preso e presidiário, não encontrei diferença significativa que colocasse fim à incoerência de sentido que refere, uma vez que um presidiário é alguém que cumpre pena num presídio, logo, que está preso.

Quanto ao uso ou não da preposição em, creio que o sentido muda. A frase «Mais de dois mil presos estão foragidos em São Paulo» veicula, parece-me, a ideia de que entre a população de S. Paulo há dois mil indivíduos que estão foragidos, que aí se escondem, independentemente de onde venham.

Já na frase «Mais de dois mil presos paulistas estão foragidos», não se sabe em que espaço se encontram os foragidos, mas sabe-se a sua origem.