Pode escrever-se o termo genérico ou classificador ilhas com minúscula inicial: «ilhas Desertas», «ilhas Canárias», «ilhas Galápagos», «ilhas Selvagens».
Note-se que nos casos em apreço, o elemento genérico ilhas é opcional: «as Desertas», «as Canárias», «as Galápagos» (ou «os Galápagos», se se pressupuser «ilhas dos Galápagos»), «as Selvagens».
Um critério para a minúscula inicial nos elementos genéricos encontra-se na Gramática do Português da Fundação Calouste Gulbenkian – GP-FCG (2013-2020, p. 1020):
«[Q]uando o classificador (toponímico) é obrigatório, escrever-se-á com letra maiúscula, como em (o) Lago Léman [...]; quando o classificador (toponímico) é opcional, escrever-se-á com letra minúscula, como em (o) rio Tejo [...].»
Convém, entretanto, dizer que não conhecemos regras que se apliquem consensualmente a estes casos.
Com efeito, o acordo ortográfico em vigor não é claro a este respeito, e o anterior, de 1945, também não. Contudo, em 1947, no Tratado de Ortografia da Língua Portuguesa (p. 337/338), Rebelo Gonçalves considerava que deviam escrever-se com minúscula inicial os substantivos que significavam acidentes geográficos, entre eles, ilha. Mas abria uma exceção para substantivos que, com os substantivos que os especificam, formam «locuções toponímicas», como é o caso de «Península Ibérica», em que península não é opcional.
Contrariando o critério da GP-FCG e o preceito de Rebelo Gonçalves, refira-se uma tese de doutoramento recente (Estandardização da Toponímia do Português, Língua Pluricêntrica: o Caso de Portugal, Univ. Coimbra,2026, pp. 53/54), em que o autor, o linguista Agostinho Salgueiro, defende a maiusculização sistemática de termos genéricos, na estandardização de nomes geográficos: «Ilhas Desertas» (ou simplesmente Desertas), «Ilhas Canárias» (ou simplesmente "Canárias") etc.
Em suma, não havendo regras estáveis, terá de se definir um critério para o uso de maiúsculas e minúsculas iniciais. O que é proposto pela GP-FCG parece intuitivamente acessível e, portanto, plausível, mas a maiusculização sistemática dos termos genéricos, opcionais ou não, também é aceitável.