Os sufixos -ção e -mento são hoje muito frequentes na formação de nomes derivados de verbos, mas a opção por um ou outro não tem uma regra, pois muito depende do uso.
No caso do derivado de compactuar, acontece que o nome correspondente não parece ter frequência apreciável, o que permite supor que tanto compactuação como compactuamento são formas concorrentes e aceitáveis, além de estarem ambas corretas, porque são coerentes do ponto de vista da derivação de palavras. Mesmo assim, consultando o dicionário da Priberam, o registo de tal derivado tem a forma compactuação, a qual também predomina sobre compactuamento numa pesquisa com o Google.
Não é que, em princípio, compactuamento configure erro, mas a conclusão que por enquanto se impõe é a de, havendo necessidade de empregar um nome derivado de compactuar, se usar mais compactuação.