Segundo o Vocabulário Resumido da Língua Portuguesa, da Academia das Ciências de Lisboa (Lisboa, Imprensa Nacional, 1970), «nos compostos de elementos de origem substantiva derivados do grego ou do latim, como ápico, electro, físio, gastro (...), termo, etc., não se emprega o hífen».

Assim, sendo farmaco- um elemento de origem grega de natureza substantiva, não deve usar-se o hífen. Escrever-se-á, por isso farmacoepidemiológico.