A palavra etimólogo , «pessoa que estuda etimologia, isto é, que estuda a origem e evolução das palavras», é a forma que melhor se enquadra no padrão morfológico do português, porque o sufixo grego ‑logo designa tradicionalmente o especialista ou estudioso, como acontece em geólogo, filólogo ou metodólogo (Infopédia). Do ponto de vista etimológico, portanto, etimólogo é a formação que melhor corresponde à origem grega do termo (ἐτυμολόγος).

Contudo, quando se observa o uso real da língua, verifica‑se que etimologista é hoje mais frequente. O sufixo ‑ista é muito usado no português contemporâneo e tende a formar nomes de profissionais, praticantes ou estudiosos em diversas áreas (por exemplo: linguista). O próprio Dicionário da Língua Portuguesa da Academia das Ciências de Lisboa regista as duas formas, mas assinala que etimólogo é menos usado do que etimologista. 

Note-se, porém, que esta preferência pelo sufixo ‑ista não é uniforme em todas as áreas das ciências da linguagem. Há casos em que a forma em ‑logo continua a ser mais comum do que a correspondente em ‑ista. O dicionário da Academia da Ciências de Lisboa indica, por exemplo, que fonólogo é mais usado do que fonologista e que filólogo é mais frequente do que filologista. Ainda assim, é característico deste domínio existir duplicidade de designações, com pares concorrentes que convivem no uso, como morfólogo/morfologista. 

Assim, ambas as palavras são corretas e legítimas. Por essa razão, não é possível desaconselhar nenhuma delas, embora se reconheça que o português contemporâneo mostra uma preferência clara por etimologista.