A expressão mais adequada é «na sequência de...», quando, na correspondência, se situa uma mensagem no contexto de uma discussão prévia:

1. «Na sequência do pedido que nos foi dirigido, informamos que...»

A expressão «em sequência» é usada como locução adverbial para significar «de/em seguida, sem interrupção»:

2. «Classifique os documentos em sequência.»

O dicionário da Academia das Ciências de Lisboa regista ambas as expressões em subentrada à palavra sequência: «em sequência, loc. adv. por ordem, ordenadamente, sucessivamente; sem interrupções, em seguida»; «na sequência de, locução prepositiva, em consequência de, em resultado de, no seguimento de. O ministro veio à televisão na sequência dos distúrbios de ontem.»