A forma mais corrente e fixada pelo uso, com o significado de «estar em bom estado de saúde, conservação ou funcionamento»1, é «estar em condições de», pelo que se esperaria «O paciente não está em condições físicas de/para participar [...]». No entanto, não podemos assumir como errada a expressão «estar com condições de/para», porque ela tem uso em casos como «o pavilhão está com condições para acolher as pessoas». Assim sendo, na frase apresentada, tanto a escolha de de como a de com são aceitáveis.
Quanto à escolha de para, também esta não está errada. Com efeito, em lugar de «estar em condições de», em que a preposição de constitui a regência de condições, também se pode empregar «estar em condições» («esta casa não está em condições»), sem regência. Nesse caso, a preposição para introduz uma oração adverbial final com a função de modificador do grupo verbal «não está em condições»: «não está em condições para participar na audiência etc.».
Em relação à vírgula após «[...] acidente vascular cerebral [...]», esta é aconselhada, não só porque estamos perante um período extenso com muita informação, como também porque podemos encarar a oração subordinada adjetiva relativa como uma explicativa («[...], que o deixou com o lado direito do corpo paralisado afetando sua mobilidade»), que, na escrita é sempre precedida de vírgula.
1 Cf. «Este peixe não está em condições» (= «em estado de ser utilizado»), abonação associada à entrada «em condições» no Dicionário Estrutural, Estilístico e Sintáctico da Língua Portuguesa (Livraria Chardron e Lelo e Irmãos – Editores, 1985), de Énio Ramalho.