Ambas as possibilidades estão corretas e são aceitáveis no contexto de redação de um e-mail.

A expressão anexo pode ser usada com diferentes naturezas gramaticais. Assim, na expressão «junto anexo», está a ser usada como um nome, que pode flexionar em número («Junto anexos»).

Já na expressão «Junto em anexo», identificamos uma locução adverbial («em anexo») que é equivalente a «apenso a» ou «em forma de aditamento» (Cf. Dicionário da Academia das Ciências de Lisboa).

Também é possível utilizar anexo como um adjetivo em expressões como «envio num envelope anexo» ou «envio em encomendas anexas».

Refira-se, por fim, que alguns gramáticos mais clássicos aceitavam apenas a utilização de anexo como adjetivo, recusando as outras possibilidades de uso, consideradas galicismos (ver estas respostas alinhadas com a posição clássica: «Em anexo»;  «"Attachment" = anexo»).

Disponha sempre!