Em português europeu, a palavra anda dicionarizada com as duas pronúncias. O dicionário da Academia das Ciências de Lisboa apresenta-a com o aberto, "micróscópio", enquanto o Grande Dicionário da Língua Portuguesa, da Porto Editora, indica um [u], "micruscópio", seguindo a regra do vocalismo átono do português europeu, a qual prevê o fechamento de vogais em posição átona. Esta variação está de acordo com uma tendência que é descrita por Alina Villalva na Gramática da Língua Portuguesa (Lisboa, Editorial Caminho, 2003, pág. 975) em relação aos radicais que participam de compostos morfológicos: «[...] a vogal de ligação -o- é preservada dos efeitos do vocalismo átono [...], deixando de o ser quando os compostos são lexicalizados»; é por isso que se diz antrop[ɔ]mórfico, com o aberto, mas também se diz aut[u]móvel, com u.

De qualquer modo, em relação a microfone e microssegundo, o o de micro- é aberto. E quanto a macro-, o o final também é aberto (cf. dicionário da Academia das Ciências de Lisboa). Note-se que esta vogal aberta é átona. Este caso não é surpreendente e soma-se a muitos outros que contrariam a mencionada regra do vocalismo do português europeu; por exemplo: red[a]cção, acentuada na última sílaba; p[a]deiro, com acento na penúltima.