Segundo o Grande Dicionário da Língua Portuguesa (GDLP) da Porto Editora, os dois a de amílase pronunciam-se como em para, o mesmo acontecendo com o a de lípase.
Esta pronúncia justifica-se, como refere, pelo facto de as palavras serem esdrúxulas, recaindo o acento tónico sobre a sílaba com acento gráfico.
Salienta-se, no entanto, que o Dicionário Houaiss, embora não tenha a transcrição fonética, regista duas formas: uma acentuada, amílase, e outra sem acento, amilase. Acontece o mesmo com lípase, de que apresenta igualmente a forma lipase. Esta dupla apresentação evidencia o facto de não haver uma pronúncia consensual, sendo utilizadas as duas pronúncias, uma em que o a é átono (amílase e lípase) e outra em que o a, por integrar a sílaba tónica (a língua portuguesa é uma língua preferencialmente acentuada na penúltima sílaba), é aberto e se pronuncia como o a de carro.
Relativamente a protease, no GDLP ocorre uma forma, protéase, com acento gráfico no e e em cuja pronúncia se abre o o e o e (este constitui a sílaba tónica), sendo o a pronunciado como em para.
Também nesta palavra Houaiss apresenta duas grafias: uma idêntica à do GDLP, outra idêntica à que o consulente regista, o que, uma vez mais, aponta para uma pronúncia diversa. No caso da grafia protease, o a deverá ser aberto, como em carro.
Estamos, pois, perante palavras para cuja pronúncia não há, neste momento, consenso. Poderei apenas dizer-lhe que as formas amílase, lípase e protéase são as mais conservadoras, se tal se pode dizer, ou seja, foi a partir delas que a nova pronúncia começou a impor uma nova grafia. Nestas situações, o falante poderá optar por um registo mais formal, usando a forma que designo por conservadora, ou o contrário. Claro, que, na opção tomada, intervém, por vezes, o uso instituído, local ou regionalmente, pela gíria profissional.
Note-se que o que acontece com as palavras em apreço acontece com muitas outras em áreas científicas próximas das que usam as palavras em análise. Recordemos alcoolemia, a par de "alcoolémia"; biopsia, a par de "biópsia"; glicemia, a par de "glicémia".
