Em Portugal, Cafarnaum é a grafia legítima, pelo menos, desde os anos 40 do século passado. Rebelo Gonçalves grafa assim este nome no seu Tratado de Ortografia da Língua Portuguesa (Coimbra, Atlântida Editora, 1947, pág. 161), apoiando-se na Base XIV do Acordo Ortográfico de 1945 (AO 1945):
«Prescinde-se do acento agudo nas vogais tónicas i e u de vocábulos oxítonos ou paroxítonos, quando, precedidas de vogal que com elas não formam ditongo, são seguidas de l, m, n, r ou z finais de sílaba, ou então de nh: adail, hiulco, paul; Caim, Coimbra, ruim; constituinte, saindo, triunfo; demiurgo, influir, sairdes; aboiz, juiz, raiz; fuinha, moinho, rainha.»
O caso de Cafarnaum é semelhante ao de Caim: trata-se de palavras agudas, estando as vogais da penúltima e última sílabas em hiato ("na-um", "ca-im").
No contexto da norma brasileira, encontra-se registo de cafarnaum (genericamente, «lugar em que há tumulto ou desordem»), como substantivo comum em resultado da recategorização de Cafarnaum (Dicionário Houaiss).1
A aplicação da Base X, 2.º do Acordo Ortográfico de 1990, não altera a grafia desta palavra (cf. Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa, da Porto Editora).
1 Existe a variante cafarnaú (cf. Dicionário Houaiss), que tem acento gráfico, de acordo com o Formulário Ortográfico de 1943 (FO 1943), que esteve em vigor no Brasil até finais de 2008 (Base XII, 4.ª):
«Põe-se o acento agudo no i e no u tônicos que não formam ditongo com a vogal anterior: aí, balaústre, cafeína, cais, contraí-la, distribuí-lo, egoísta, faísca, heroína, juízo, país, peúga, saía, saúde, timboúva, viúvo, etc.».
Este preceito tinha duas restrições, muito semelhante a primeira à Base XIV do AO 1945:
«Observação 1.ª — Não se coloca o acento agudo no i e no u quando, precedidos de vogal que com eles não forma ditongo, são seguidos de l, m, n, r ou z que não iniciam silabas e, ainda, nh: adail, contribuinte, demiurgo, juiz, paul, retribuirdes, ruim, tainha, ventoinha, etc.
Observação 2.ª — Também não se assinala com acento agudo a base dos ditongos tônicos iu e ui, quando precedidos de vogal: atraiu, contribuiu, pauis, etc.»
Do mesmo modo que acontece em relação com a Base XIV do AO 1945, o Acordo Ortográfico de 1990 (Base X, 2.º) mantém o disposto no FO 1943.