Não é do meu conhecimento que haja alguma indicação contra o uso de uma expressão a favor da outra. A palavra tem origem no latim ‘aula, ae’, que significava «pátio de uma casa, palácio, corte de um príncipe», vocábulo que era a adaptação do grego ‘aulē, ês’, «todo o espaço ao ar livre, pátio de uma casa» e «residência, moradia» (por extensão).
Em português, a palavra tornou-se sinónimo de lição, o que permite falar tanto na sala destinada a dar uma aula qualquer – e daí, a expressão «sala de aula» – como na sala em que se dão aulas, ou seja, a «sala de aulas».