Há diferenças etimológicas e semânticas:

intercepção

«ato ou efeito de interceptar (Do lat. interceptiōne-, «subtração»)» (Dicionário da Língua Portuguesa 2009, Porto Editora)

interceptar

«[relacionado com] lat[im] intercipĭo, is, ēpi, eptum, ĭpĕre, "tomar, apanhar na passagem, barrar, embargar, interceptar, subtrair, furtar" (de inter e capĕre)» (Dicionário Houaiss)

«1. interromper o curso de; 2. apoderar-se do que vai dirigido a outrem; 3. fazer parar; impedir» (Dicionário da Língua Portuguesa 2009, Porto Editora)

intersecção

«lat. intersectĭo,ōnis, "o espaço entre dois dentículos nos capitéis das colunas jônicas e coríntias"»

intersectar:

O Dicionário Houaiss não tem entrada para este verbo, mas encontramos a forma intersectar entre as palavras provenientes «do latim sĕco, as, ŭi, sectum, āre, "cortar, recortar; separar cortando; cortar a forragem, ceifar; espatifar, cortar em pedaços, dividir em dois e, t[am]b[ém], decidir uma questão"».

Deste modo, vemos que em intersecção/intersectar se salienta a ideia de corte, enquanto, em interseptar se dá relevo à ideia de "impedimento, barragem". A convergência semântica vem de tanto a "corte" como a "impedimento" se poder atribuir a interpretação de "interrupção".