O adjectivo incomum significa «não comum; fora do comum» e «invulgar; excepcional». Por exemplo: «O Portinho da Arrábida é de uma beleza incomum.»
Por sua vez, «em comum» quer dizer «conjuntamente», a exemplo de «eles trabalham em comum».
[Fonte: Dicionário da Língua Portuguesa 2008, da Porto Editora]