Na área da medicina e na parte relacionada com a sua pergunta, aparelho é «conjunto de órgãos associados para exercerem uma mesma função: aparelho digestivo, aparelho circulatório, aparelho respiratório, aparelho urogenital, etc.» Por sua vez, sistema, na mesma área, é «conjunto de estruturas ou de órgãos semelhantes, constituídos pelo mesmo tecido ou células e com funções do mesmo tipo». Neste caso, temos sistema adiposo («conjunto dos tecidos gordos ou adiposos do organismo»), sistema arterial («conjunto de vasos arteriais do organismo»), sistema cartilagíneo («conjunto de cartilagens do organismo»), etc.

Assim, devemos dizer aparelho urinário, visto que se trata de «conjunto de órgãos associados...», sem necessidade de serem «semelhantes, constituídos pelo mesmo tecido ou células» (in Dicionário de Termos Médicos, de Manuel Freitas e Costa, Porto Editora).