Pelo menos, em Portugal, a tradição[1] manda que o nome de um indivíduo seja formado por:
nome próprio (pode ter dois) + apelidos da família da mãe (até dois) + apelidos da família do pai (até dois).
Por exemplo:
1 – Joana Simões Lemos
Em 1, Joana é o nome próprio (o primeiro nome), Simões é o apelido da mãe, e Lemos, o do pai.
Há pessoas que têm cinco ou seis nomes, entre nomes próprios e apelidos:
2 – Manuel João de Almeida Fontes Machado da Silva
Em casos como estes, a pessoa abrevia o nome, de acordo com o seu critério, embora a tendência seja a de usar apenas o primeiro e o último apelido, que é o do pai:
3 – Manuel da Silva
Às vezes, em casos como o de 2, usam-se os dois últimos apelidos, que, como se disse, coincidem geralmente com os que são recebidos pela linha paterna:
4 – Manuel Machado da Silva
O caso que a pergunta nos apresenta – Fernando João Duarte do Carmo Abrantes Fernandes – enquadra-se nas situações descritas em 2 e 3, daí a simplificação Fernando Fernandes.
Pode haver, é claro, exceções a este procedimento, mas o que exponho parece-me o mais típico da atual antroponímia portuguesa.
Note-se que o registo do nome está regulado em Portugal, mas é menos rígido do que acabei de explicar quanto à atribuição dos apelidos e à ordem por que aparecem (ver critérios para formação de um nome no Instituto dos Registos e do Notariado).
[1 Nota do consultor (6/01/2018) – Depois de um reparo enviado ao Ciberdúvidas e de um comentário lido no blogue Linguagista, de Helder Guégués –, considero que falar de «tradição» é empregar um termo que, denotando uma escala temporal extensa, terá aplicação discutível a uma prática onomástica mais recente do que se julga. Com efeito, um artigo do historiador Nuno Gonçalo Monteiro – "Os nomes de família em Portugal: uma breve perspectiva histórica". Etnográfica, vol. 12, 1, 45-58 – revela que a ordem apelidos maternos-apelidos paternos não era predominante no séc. XIX e que só em 1931 a legislação veio a impô-la. Trata-se, portanto, de uma ordem que se foi enraizando em Portugal a partir dos anos 30, mas que hoje, pela liberdade que o artigo 103.º do Código do Registo Civil subentende, parece estar em vias de alteração.]