Penso que não é incorrecto usar o verbo poder para transpor um imperativo para o discurso indirecto, tendo em conta o exemplo que apresenta e o facto de estar a ensinar estrangeiros a falar português. Todavia, parece-me mais correcto o uso do auxiliar modal dever, pois «não se vão embora» não implica necessariamente a proibição de ir embora (expressa em «não nos podíamos ir embora»), mas mais propriamente um pedido ou um conselho (expresso em «não nos devíamos ir embora»).
Não aconselharia, no entanto, o uso de ter de no caso da frase apresentada, pois a negativa «não tínhamos de ir» implica a ausência de obrigatoriedade ou necessidade, o que também não corresponde necessariamente à ideia contida no imperativo.
Quanto à sua segunda questão, eu diria, igualmente, que a mudança dos tempos verbais depende das circunstâncias, ou do(s) contexto(s) em que os discursos directo e indirecto são formulados. Por exemplo, a diferença entre «ela disse que chegaria logo» e «ela disse que chegará logo» (ambas reformulações válidas de «chego logo») reside no facto de, no momento em que o seu discurso é reformulado por outrem, a pessoa em questão ter ou não desempenhado a acção a que se refere: «chegaria», se já passou o momento em que ela deveria ter chegado, «chegará», se ainda não chegou quando alguém repete as suas palavras em discurso indirecto.