O Dicionário de Sinónimos e Antónimos da Língua Portuguesa, da Texto Editores, considera antónimas as palavras prefixo e sufixo. Naturalmente, os verbos prefixar (na acepção de «pôr prefixo em») e sufixar, que este dicionário não regista, também são antónimos.
Prefixar significa «fixar com antecedência; determinar; prescrever» e, como já disse, «pôr prefixo em»; por sua vez, sufixar quer dizer «apor sufixo a» e «juntar sufixos» [in Dicionário da Língua Portuguesa 2008, da Porto Editora].