Frases como as apresentadas acima assemelham-se, em grande medida, às chamadas interrogativas indire{#c|}tas, no sentido em que comportam uma expressão — neste caso «o que» — que funciona como uma espécie de variável. Para compreendermos a sua estrutura em termos sintá{#c|}ticos, vamos recorrer, primeiramente, a um exemplo mais simples e claro, para depois estendermos a análise às frases em questão.
Numa configuração como «A Maria sabe quem eu sou», quem funciona como um pronome-variável, que pode corresponder a «a pessoa X». Assim, estamos a dizer que «A Maria sabe que eu sou uma pessoa X». Neste tipo de construções, a variável é movida para uma posição inicial da frase encaixada (tomando «A Maria sabe» como a frase principal). Observamos, por outro lado, que, nesta construção, eu funciona como o sujeito da frase encaixada, na medida em que concorda em pessoa e número (i. e., controla a concordância) com a forma do verbo ser: «eu sou». Por outro lado, estando em causa o verbo ser, que é um dos designados verbos copulativos, a função de predicador é desempenhada pelo chamado predicativo do sujeito, que, neste caso, será realizado pela variável quem. Assim, a estrutura da frase encaixada seria, grosso modo, a seguinte: «eu» (sujeito) «sou» (forma do verbo copulativo) «quem» (predicativo do sujeito). Dada a sua condição de variável, o predicativo do sujeito é obrigatoriamente movido para uma posição inicial da frase encaixada, dando origem à configuração «quem eu sou» presente em «A Maria sabe quem eu sou». Finalmente, e como discutiremos mais adiante, se se aplicar o movimento sintá{#c|}tico designado como inversão do sujeito, poderemos ter uma estrutura como «A Maria sabe quem sou eu».
Retomemos, agora, a frase que surge na pergunta, tentando aplicar-lhe a análise que acabámos de propor. Assim, em «Eu sei o que isso é» teremos como oração principal «eu sei» cujo complemento é uma oração subordinada constituída por um pronome-variável o que (correspondente a «uma coisa X»), pelo pronome de terceira pessoa isso (que, à semelhança de eu, na frase anteriormente apresentada, funcionará como sujeito) e pela forma de terceira pessoa do singular do verbo copulativo ser (é) que concorda em pessoa e número com o pronome isso. Assim, a estrutura subjacente à frase em questão será «Eu sei que isso é uma coisa X».
Pelo que ficou dito, a ordem mais natural para uma frase como esta será «eu sei o que isso é»: «o que», o predicativo do sujeito, é movido para a posição inicial da frase encaixada devido à sua condição de variável; o pronome isso ocupa a sua posição de sujeito antecedendo a forma verbal é com que concorda em pessoa e número. Como obtemos, então, a estrutura «eu sei o que é isso»? A resposta poderá estar na possibilidade de inversão de sujeito que acontece em muitas frases com verbos copulativos. Assim, partindo de uma estrutura básica «A Maria é simpática», em que o sujeito precede o predicado, podemos inverter a ordem dos constituintes, movendo o sintagma nominal sujeito para uma posição à direita do predicado, obtendo-se assim uma construção, também ela bem formada, a saber «É simpática a Maria».
Em suma, ambas as formas estão corre{#c|}tas: em «eu sei o que isso é» apenas o pronome-variável com a função de predicativo do sujeito é movido, mantendo-se o sujeito da frase encaixada na sua posição natural à esquerda da forma verbal; numa frase como «eu sei o que é isso», para além do movimento da variável, temos um caso de inversão do sujeito, passando este para a direita da forma verbal.
