A prezada consulente está enganada acerca da «repetição do pronome relativo que».
Se é que não houve engano a contar, o texto apresentado tem 13 palavras que, mas apenas 4 são pronomes relativos:
1. – ...decisões administrativas que confirmaram...
2. – ... não foi bem isso que aconteceu...
3. – ... os documentos que ora juntamos.
4. – ... e MP que o modificaram.
Destes 4 pronomes relativos, podemos suprimir 3. Basta redigir as frases de outra maneira. Na frase 4, não é fácil suprimir o que. Só o poderíamos suprimir se tivéssemos conhecimento das circunstâncias. Vamos, então, ao caso:
1. – ...decisões administrativas confirmadoras/confirmativas/confirmantes dos débitos... ou então... a confirmarem o débito.
2. – Mas não foi bem isso o acontecido/sucedido/ocorrido.
3. – Conforme os documentos juntos/acrescentados/adicionados/ajuntados ora/agora por nós,...
As restantes palavras que são conjunções integrantes. Omitimo-las nas respostas, porque nos parece que a dúvida estava no emprego do pronome relativo que. Mas se deseja a nossa resposta acerca das conjunções integrantes, continuamos ao dispor da nossa consulente.
O texto apresentado tem características de linguagem jurídica, linguagem esta em que o pronome relativo que é muito vulgar.